不起訴の場合、性犯罪者プログラムは適用されません。

　強姦とか強制わいせつとかの刑の執行方法なので。
　不起訴の場合は、何も用意されていません。

http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20090626-00000149-mai-soci
示談が成立し、女性が告訴を取り下げたことを勘案した。大学は６人の無期停学処分を継続し、更生のための指導を続けるとしている。

　不起訴になってから、そういう指導を積極的に受けることは期待できませんから、性犯罪者プログラムの受講を条件として不起訴にするという選択肢もありうると思います。