この解説を読む限りは、補充的性格であって法律優先のようです。
熊本県少年保護育成条例の解説
(みだらな性行為及びわいせつ行為の禁止)
第13条何人も、少年に対し、みだらな位行為又はわいせつ行為をしてはならない。
2 何人も、少年に対し、前項の行為を教え、又は見せてはならない。
〔要旨〕
本条は、少年に対してみたらな性行為又はわいせつ行為をなす成人又はこれらの行為を故意に教えたり、見せたりする成人を対象としてこのような背徳行為を禁止しようとするものである。
[解説]
1 本条は、刑法の規定による「暴行」、「脅迫」、「心身喪失」、「抗拒不能」等を伴わない少年に対するみだらな性行為(淫行)又はわいせつ行為すなわち、刑法をはじめ関係実定法令だけでは規制できない部分を、少年の保護という面からとりあげて規制したものである。
とするとこういう事件に青少年条例違反は成立しない
小学生にみだらな行為をした疑い=熊本
2010.08.31 読売新聞
八代署は30日、(32)、(26)の両容疑者を県少年保護育成条例違反の疑いで逮捕した。発表によると、3月31日未明、八代市内のホテルで、当時小学6年生だった県内の少女(12)に、18歳未満であることを知りながら、みだらな行為をした疑い。7月に少女が同署に相談して発覚した。