被害者への謝罪文を書いたんですが、国選弁護人から「そんなことをすると、逆上されて、不利になる」と言われました。

　弁護人がコントロールすれば、不利に評価されることはありません。
　刑事事件以外でもそうですが、謝りにいくと、被害者に怒られるわけですが、犯人側はそのとき初めて被害者の怒りを実感して、反省を深めるわけです。
　国選弁護人がなんでそういうのかというと、そのやりとりは弁護人にとって辛いからです。