最近ちょっと詳しくなったんですが、
http://www.mainichi-msn.co.jp/shakai/jiken/news/20051004k0000m040111000c.html
パソコン破壊：ダウンロード短縮ソフト入れた男逮捕 愛知
という事件があったようです。
電子計算機損壊等業務妨害罪は
損壊し、
虚偽の情報若しくは不正な指令を与え、
その他の方法により、
という手段が限定されています。
（「その他の方法」って何をどう限定しているのかわかりませんが。）
第234条の２（電子計算機損壊等業務妨害）
人の業務に使用する電子計算機若しくはその用に供する電磁的記録を損壊し、若しくは人の業務に使用する電子計算機に虚偽の情報若しくは不正な指令を与え、又はその他の方法により、電子計算機に使用目的に沿うべき動作をさせず、又は使用目的に反する動作をさせて、人の業務を妨害した者は、五年以下の懲役又は百万円以下の罰金に処する。
ソフトを抜くのは「損壊」、ソフトを入れるのは「不正な指令を与え」になるでしょう。
鶴田六郎＝横畠裕介・米澤慶治編「刑法等一部改正法の解説」
「損壊」とは、物を物質的に変更、滅失させる場合のほか、電磁的記録の消去等物の効用を害する場合を含む。このことは、従来毀棄罪について論じられていたことと同様である。
