起訴状・供述調書・判決書は匿名でよいとしても、被害者の調書を不同意にすれば、検察官は被害者を証人として申請することになり、299条1項で弁護人には住所氏名が伝わります。
これが今の法律ですので、警察・検察はそれをちゃんと説明してから起訴すべきだと思います。
刑事訴訟法
第二百九十九条 検察官、被告人又は弁護人が証人、鑑定人、通訳人又は翻訳人の尋問を請求するについては、あらかじめ、相手方に対し、その氏名及び住居を知る機会を与えなければならない。証拠書類又は証拠物の取調を請求するについては、あらかじめ、相手方にこれを閲覧する機会を与えなければならない。但し、相手方に異議のないときは、この限りでない。
○２ 裁判所が職権で証拠調の決定をするについては、検察官及び被告人又は弁護人の意見を聴かなければならない。
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第二百九十九条の二 検察官又は弁護人は、前条第一項の規定により証人、鑑定人、通訳人若しくは翻訳人の氏名及び住居を知る機会を与え又は証拠書類若しくは証拠物を閲覧する機会を与えるに当たり、証人、鑑定人、通訳人若しくは翻訳人若しくは証拠書類若しくは証拠物にその氏名が記載されている者若しくはこれらの親族の身体若しくは財産に害を加え又はこれらの者を畏怖させ若しくは困惑させる行為がなされるおそれがあると認めるときは、相手方に対し、その旨を告げ、これらの者の住居、勤務先その他その通常所在する場所が特定される事項が、犯罪の証明若しくは犯罪の捜査又は被告人の防御に関し必要がある場合を除き、関係者（被告人を含む。）に知られないようにすることその他これらの者の安全が脅かされることがないように配慮することを求めることができる。
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第二百九十九条の三 検察官は、第二百九十九条第一項の規定により証人の氏名及び住居を知る機会を与え又は証拠書類若しくは証拠物を閲覧する機会を与えるに当たり、被害者特定事項が明らかにされることにより、被害者等の名誉若しくは社会生活の平穏が著しく害されるおそれがあると認めるとき、又は被害者若しくはその親族の身体若しくは財産に害を加え若しくはこれらの者を畏怖させ若しくは困惑させる行為がなされるおそれがあると認めるときは、弁護人に対し、その旨を告げ、被害者特定事項が、被告人の防御に関し必要がある場合を除き、被告人その他の者に知られないようにすることを求めることができる。ただし、被告人に知られないようにすることを求めることについては、被害者特定事項のうち起訴状に記載された事項以外のものに限る。
http://digital.asahi.com/articles/TKY201310180562.html
強制わいせつの罪で起訴された被告について、東京地検が被害者側の意向をくんで、起訴を取り消す異例の対応を取っていたことがわかった。再び被害に遭うことを恐れる被害者側が、裁判の過程を通じて、被告側に被害児童の名前や個人情報を知られることを心配したためとみられる。
この事件では、被告が被害児童の氏名を知らなかったことから、地検は二次被害を恐れる被害者側の意向を受け、起訴状では被害児童の名前を匿名にした。その代わりに、親の氏名と続き柄を起訴状に記載して、被告を起訴していた。
http://www.yomiuri.co.jp/national/news/20131019-OYT1T00205.htm
関係者によると、被告は東京都内で児童にわいせつな行為をしたとして起訴された。地検は、被害者側の意向で起訴状に児童の実名を記載せず、親の実名と続き柄を記載するにとどめていた。ただ、被害者側が、今後の公判で児童の個人情報が被告に伝わることなどを心配したため、地検は被告の刑事訴追を断念したという。同罪は、被害者の告訴がなければ起訴できない。
http://sankei.jp.msn.com/affairs/news/131019/trl13101900220000-n1.htm
検察庁は昨年１１月に起きた神奈川県逗子市のストーカー殺人事件をきっかけに、性犯罪事件などで特に保護が必要な場合、起訴状に被害者の実名を記載しない取り扱いを進めている。関係者によると、地検は今回の事件でも起訴状で被害児童を匿名扱いにしていたが、児童側の意向を重く見て、取り消しを決めたとみられる。強制わいせつ罪は被害者の告訴が必要な親告罪。今年７月には、東京地裁が別の強制わいせつ事件で起訴状の匿名扱いを認めず、被害児童の親が「氏名を出すなら告訴を取り下げる」との意向を示していたことが明らかになった。
